W odróżnieniu od właściwego Prototype, gdzie kierowaliśmy postacią Alexa Mercera, tym razem wcielimy się w zupełnie nowego bohatera, którego zadaniem będzie dorwanie protagonisty z pierwowzoru. Co ważne, nowa postać także będzie posiadać zdolność wchłaniania umiejętności zabitych przeciwników.
Prototype 2 zostanie wydany dopiero w 2012 roku. Platformy docelowe to komputery osobiste oraz konsole Xbox 360 i PlayStation 3. W chwili obecnej nie wiemy nic więcej na temat tej produkcji.
