W sieci pojawił się nowy zwiastun filmowy Prototype, który zdradza zawartość fabuły tej gry. Dotychczas wiadomym było, że cała historia przedstawiona w dziele studia Radical Entertainment będzie związana z konfliktem pomiędzy zainfekowanymi a ludźmi. Główny bohater natomiast jest ogniwem łączym oba te światy i będzie musiał podjąć decyzję, której stronie pomóc. Ale przejdźmy do nowinek.
Alex Mercer budzi się na początku w prosektorium, a nad sobą widzi dwóch mężczyzn w kombinezonach ochronnych. Obaj szykują się do przeprowadzenia sekcji zwłok młodzieńca. Wkrótce potem Alex odkryje swoją pierwszą nabytą dzięki zarazie moc - polimorfizm i zacznie swoją podróż ku prawdzie o tym, co doprowadziło go na stół w prosektorium.Nareszcie studio Radical Entertianment postanowiło zdradzić część informacji dotyczących fabuły Prototype. Zaraza, utrata pamięci i do tego ten wredny "specjalista".