Magic Marker to oparte na prawach fizyki, połączenie klasycznej platformówki 2D z grą logiczną, w której gracz steruje chłopcem o imieniu Max i jego magicznym markerem. Podczas gdy Max umożliwia stare, dobre zabawy platformowe, marker służy do rozwiązywania stawianych przed nim problemów logicznych, poprzez rysowanie odpowiednich obiektów stających się od tej chwili częścią świata gry. Funkcja ta służy do przejścia każdego poziomu i pokonywania wyzwań, jak również zaopatruje gracza w unikalne narzędzie, które samo w sobie stanowi niesamowitą zabawę.

Max jest młodym chłopcem, i jak większość chłopców lubi rysować. Pewnego dnia otrzymuje pocztą tajemniczy marker. Nie było dołączonego listu - tylko zwykły pomarańczowy marker. Max od razu postanawia go przetestować, siada i zaczyna rysować. Rysuje na kartce obrazek potwora, jednak gdy tylko kończy go rysować niespodziewanie potwór Maxa zaczyna się poruszać i ucieka do innego rysunku. Zszokowany chłopiec widząc, że potwór niszczy owoce jego ciężkiej pracy rysuje w albumie samego siebie, dzięki czemu przenosi się do świata obrazków. Rozpoczyna się gra, w której Max wykorzystując magiczną moc pomarańczowego markera oraz własny spryt, musi powstrzymać potwora, którego sam stworzył.